La compagnia viene aperta nel 1946 da Joseph Lauder e la moglie Estée a New York, inizialmente commercializzando soltanto quattro prodotti. Nei 15 anni successivi la produzione viene ampliata su diversi prodotti di cosmetica e profumi, e finalmente nel 1960 i prodotti di Esteé Lauder cominciano ad essere esportati al di fuori degli Stati Uniti. Inizialmente viene aperto un negozio dentro Harrods a Londra, e l'anno seguente un ufficio a Hong Kong.Nel 1967 Estée Lauder è stata premiata da l'Albert Einstein College of Medicine nel 1968, come riconoscimento dei risultati ottenuti nel mondo del commercio. Lo stesso anno viene aperto Clinique Laboratories, Inc., la prima azienda di cosmetici e profumi dermatologicamente testati. Dal 1981 i prodotti Estée Lauder vengono esportati anche in Unione Sovietica.Attualmente esistono negozi Estée Lauder in tutto il mondo.Dal luglio 2012 guida il gruppo l'italiano Fabrizio Freda, il primo manager esterno a prendere in mano Estée Lauder, quotato in borsa, gestito fino ad allora direttamente dall'omonima famiglia, in particolare da Leonard Lauder e dal figlio William.